城邦是地图上独立的非玩家控制势力，与它们建立良好关系能带来多样持续的增益效果。每个城邦都拥有独特的类型，为其宗主国提供不同类型的奖励。与城邦的互动主要通过派遣使者来实现，首次遇到一个城邦时会自动派遣一名使者，之后可以通过完成城邦发布的特定任务、研究市政树中的政治哲学市政，建造奇观阿帕达纳宫或使用特定政策卡来获得更多使者。当在某个城邦中派遣的使者数量超过其他所有文明时，就成为该城邦的宗主国。

文化类城邦能为自身的所有城市提供文化值加成，加速市政树的研究。工业类城邦则为城市提供生产力，帮助更快地建造单位和区域。军事类城邦能提升单位的战斗经验获取，或是直接提供免费的近战单位。宗教类城邦增加信仰值产出，有助于创立和传播宗教。科技类城邦直接提供科技值，加速科技研发，贸易类城邦则增加金币收入。成为宗主国后，除了享受该城邦类型的基础增益外，还能获得独特的宗主国加成。

成为卡霍基亚的宗主国，则能让自身所有城市获得额外的住房和宜居度。除了和平的使者竞争，也可以选择通过征服来控制城邦。使用军事单位攻占城邦的首都后，可以选择将其夷为平地或吞并。吞并后该城邦将作为自身的一个普通城市存在，会永久失去该城邦提供的增益，但也能获得一座城市及其产出。在后期甚至可以通过施压城邦的外交手段迫使其臣服，这同样能获得该城邦的宗主国效果，但会对其原宗主国宣战。